Der Ursprung der Lungenliga beider Basel liegt in den um 1900 gegründeten Ligen gegen Tuberkulose. Mit der erfolgreichen Bekämpfung der Infektionskrankheit verschob sich der Fokus ab Mitte des 20. Jahrhunderts auf andere Lungenkrankheiten. 1999 fusionierten die beiden Ligen der Halbkantone zu einer starken gemeinsamen Organisation.